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在模拟完成后经常因为分子超出边界而导致分子不完整,那么gmx trjconv可以保持分子的完整性。 gmx trjconv也可以将模拟补数设置为ns,fs,ms等时间单位,方便观察。……
因为要用分子动力学研究我们的分子如何运作的,那么我们就需要对过程进行分析。我们一般用最终的gro文件和xtc轨迹文件进行动态分析。而将一段一段的轨迹(各个阶段的平衡轨迹和产品轨迹)下载下来后慢慢……
正常结束模拟后,如果觉得模拟时间让人觉得不够长时,可以使用tpbconv写一个延长模拟的tpr文件,一般格式如下: tpbconv -s topol.tpr -f traj.trr -e ……
用gromacs直接组合完整的分子的这样也很好用,只是有些出到周期边界了,需要VMD结合使用。 gmx trjconv -s npt.tpr -f prod.xtc -……
在分子模拟结束后要某部分的动态过程或者质子化系统,可以用gmx gprotonate (不适合5.1.x版本)实现: 案例:  gmx protonate -s step7_pr……
1 of the 4956 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further ……