博客文章已转移到新地址,本地址暂时保留,新文章仅在新地址更新。[置顶]
gmx mdrun 续跑 阅读全文
由于分子动力学模拟过程比较长,经常会因为计算机出现问题(断电、程序出错、人为错误等),这样我们在运算的就会终止。 尤其是等我们运行几个小时的运算,突然终止对我们来说是非常恶心的。你……
分子模拟过程出现段错误的原因有几个: 盒子太小,所计算的能量等消失导致段错误,重新设置盒子大小后再次模拟即可 内存超出范围导致段错误 ……
为了方便使用可视化软件查看模拟的结果,经常需要将结果合并成pdb等文件,然后用shell远程下载文件后查看。 用trjconv 命令合并生产文件,-s 输入tpr能量文件,-f 输……
尴尬的事总会发生,我说说我在自己电脑安装gromacs的尴尬事情: 首先是各种尝试安装始终失败,不管是ubuntu 还是centos7,又或者linux mint 等,结果都失败了……
这是从官网的教程完成的任务(gromacs tutorial),按照官网的步骤完成的。 注意的是不能随便的复制粘贴贴,不然很多时候会出现input error 的,因为 这可能是你忘记……
首先下载软件 :http://www.gromacs.org/Downloads 选择你要安装的版本并下载到电脑,我下载到了Downloads文件夹了。 要安装fftw和cmake 先安装了……