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用gromacs直接组合完整的分子的这样也很好用,只是有些出到周期边界了,需要VMD结合使用。 gmx trjconv -s npt.tpr -f prod.xtc -……
在分子模拟结束后要某部分的动态过程或者质子化系统,可以用gmx gprotonate (不适合5.1.x版本)实现: 案例:  gmx protonate -s step7_pr……
毕业论文格式 毕业论文格式就是指进行论文写作时的样式要求,以及写作标准,直观地说,论文格式就是论文达到可公之于众的标准样式和 内容要求。一般说来,一……
用speedtest进行对linux系统的网络测试。首先下载speedtest的脚本并配置: $ wget https://raw.githubusercontent.……
1 of the 4956 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further ……
gmx mdrun 续跑 阅读全文
由于分子动力学模拟过程比较长,经常会因为计算机出现问题(断电、程序出错、人为错误等),这样我们在运算的就会终止。 尤其是等我们运行几个小时的运算,突然终止对我们来说是非常恶心的。你……