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gromacs5.x tutorial

作者:小宝 2017-02-26 01:02:13

这是从官网的教程完成的任务(gromacs tutorial),按照官网的步骤完成的。 注意的是不能随便的复制粘贴贴,不然很多时候会出现input error 的,因为 这可能是你忘记下载对应的文件了,有几个mdp文件要进行下载的,比如ntp.mdp。 点击官网的教程里面的链接可以直接打开对应的文件,复制对应的内容到编辑器 另存为对应的文件就行了,改名的话自己看改,建议不改。

下面是gromacs tutorial的全部命令


gmx pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce
然后选择15 也就是OPLS-AA/L这个。命令大概是-f引入文件,-o输入文件,后面-water是选择水分子。
第二页是用vi命令查看文件的,查看里面的情况,可以跳过,提醒一下vi中q!是强制退出不修改,wq是保存退出。查看的话建议用:q!
gmx editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic 
这是用editconf命令,同样有引入和输出步骤,输出新的盒子,-C大概是表示中心,-d是最小的距离,-bt是盒子的类型
gmx solvate -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -p topol.top 
这一步大概是往我们新建的盒子里面填充东西,-p是输出拓扑文件,具体看官网的英文内容
gmx grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr 
注意了,这里的ions.mdp是需要自己编辑的,也就是自己写入,从官网复制内容后进行编辑保存。否则会提示输出错误或者文件找不到。
gmx genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -nn 8 
这也算先引入文件,然后生成文件,你会发现topol.top会经常使用,后面是加离子,为了平衡呗
gmx grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr 
这里又有一个新的文件(minim.mdp)需要动手敲上去了。里面的参数从官网copy下来。输入em.tpr能量文件
gmx mdrun -v -deffnm em 
gmx energy -f em.edr -o potential.xvg 
输入"10 0"生成图像了,用xmgrace命令可以查看这个potential.xvg图像,远程就别想看了,都是曲线
gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr 
这里又一个要动手的文件来了
gmx mdrun -deffnm nvt 
Using 1 MPI thread
Using 4 OpenMP threads 
starting mdrun 'LYSOZYME in water'
50000 steps,    100.0 ps.

Writing final coordinates.

               Core t (s)   Wall t (s)        (%)
       Time:     2289.235      574.126      398.7
                 (ns/day)    (hour/ns)
Performance:       15.049        1.595

gcq#53: "And It Goes a Little Something Like This" (Tag Team)
gmx energy -f nvt.edr -o temperature.xvg
这里输入"15 0"注意空格,选择温度就行了。。
gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr
这里的npt.mdp需要手动建立,内容在官网找
gmx mdrun -deffnm npt 
Command line:
  gmx mdrun -deffnm npt

Reading file npt.tpr, VERSION 5.0.7 (single precision)
Changing nstlist from 10 to 20, rlist from 1 to 1.029

Using 1 MPI thread
Using 4 OpenMP threads 
starting mdrun 'LYSOZYME in water'
50000 steps,    100.0 ps.

Writing final coordinates.

               Core t (s)   Wall t (s)        (%)
       Time:     2353.362      590.537      398.5
                 (ns/day)    (hour/ns)
Performance:       14.631        1.640

gcq#354: "I like to wait, then I feel like I do something" (Carl Caleman)  
是不是发现有点规律了,这就对了!
gmx energy -f npt.edr -o pressure.xvg 
曲线图又要出来了,这是"16 0"
gmx energy -f npt.edr -o density.xvg
上面的感觉不行,然后重新选择,density,好像是"22"然后输入0进行终止
gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr 
嗯!这里的md.mdp也要自己找,自己弄
gmx mdrun -deffnm md_0_1 
Command line:   gmx mdrun -deffnm md_0_1 Reading file md_0_1.tpr, VERSION 5.0.7 (single precision) Changing nstlist from 10 to 20, rlist from 1 to 1.03 Using 1 MPI thread Using 4 OpenMP threads  starting mdrun 'LYSOZYME in water' 500000 steps,   1000.0 ps. Writing final coordinates.                Core t (s)   Wall t (s)        (%)        Time:    23109.061     5801.358      398.3                          1h36:41                  (ns/day)    (hour/ns) Performance:    

 感觉有规律就对了

Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.25这可不是命令了,这是说明,虽然官方显示是代码命令,反正错过就懂了。这一页后面的那几个命令是另一个gromacs版本的,不用理会,不然会报错,我的选择的跳过

gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact 
Select group for output
Group     0 (         System) has 38790 elements
Group     1 (        Protein) has  1960 elements
Group     2 (      Protein-H) has  1001 elements
Group     3 (        C-alpha) has   129 elements
Group     4 (       Backbone) has   387 elements
Group     5 (      MainChain) has   517 elements
Group     6 (   MainChain+Cb) has   634 elements
Group     7 (    MainChain+H) has   646 elements
Group     8 (      SideChain) has  1314 elements
Group     9 (    SideChain-H) has   484 elements
Group    10 (    Prot-Masses) has  1960 elements
Group    11 (    non-Protein) has 36830 elements
Group    12 (          Water) has 36822 elements
Group    13 (            SOL) has 36822 elements
Group    14 (      non-Water) has  1968 elements
Group    15 (            Ion) has     8 elements
Group    16 (             CL) has     8 elements
Group    17 ( Water_and_ions) has 36830 elements

这是Analysis阶段,这一步选择0("System")


gmx rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns 
同样是输入输出,但是意义可是不一样的,具体看官网的文档。这里选择"Backbone"
gmx rms -s em.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd_xtal.xvg -tu ns
Select group for RMSD calculation
Group     0 (         System) has 38790 elements
Group     1 (        Protein) has  1960 elements
Group     2 (      Protein-H) has  1001 elements
Group     3 (        C-alpha) has   129 elements
Group     4 (       Backbone) has   387 elements
Group     5 (      MainChain) has   517 elements
Group     6 (   MainChain+Cb) has   634 elements
Group     7 (    MainChain+H) has   646 elements
Group     8 (      SideChain) has  1314 elements
Group     9 (    SideChain-H) has   484 elements
Group    10 (    Prot-Masses) has  1960 elements
Group    11 (    non-Protein) has 36830 elements
Group    12 (          Water) has 36822 elements
Group    13 (            SOL) has 36822 elements
Group    14 (      non-Water) has  1968 elements
Group    15 (            Ion) has     8 elements
Group    16 (             CL) has     8 elements
Group    17 ( Water_and_ions) has 36830 elements
Select a group: 4
Selected 4: 'Backbone'
同样的操作,结果是不一样的哦。
gmx gyrate -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o gyrate.xvg 

然后用ls命令查看文件,会很多文件

[root@localhost toturial]# ls
1AKI_newbox.gro     md_0_1_noPBC.xtc  npt.tpr
1AKI.pdb            md_0_1_prev.cpt   npt.trr
1AKI_processed.gro  md_0_1.tpr        nvt.cpt
1AKI_solv.gro       md_0_1.trr        nvt.edr
1AKI_solv_ions.gro  md_0_1.xtc        nvt.gro
density.xvg         md.mdp            nvt.log
em.edr              mdout.mdp         nvt.mdp
em.gro              #mdout.mdp.1#     nvt.tpr
em.log              #mdout.mdp.2#     nvt.trr
#em.log.1#          #mdout.mdp.3#     posre.itp
em.tpr              #mdout.mdp.4#     potential.xvg
em.trr              #mdout.mdp.5#     pressure.xvg
gyrate.xvg          #mdout.mdp.6#     temperature.xvg
ions.mdp            minim.mdp         #temp.topeDq1PE.1#
ions.tpr            npt.cpt           #temp.topJHYHo2.1#
md_0_1.cpt          npt.edr           topol.top
md_0_1.edr          npt.gro           #topol.top.1#
md_0_1.gro          npt.log           #topol.top.2#
md_0_1.log          npt.mdp




这一步生成图像了
这也就完成了入门教程。
接下来分析阶段,摸索还是靠自己啊



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