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vmd 做膜

作者:小宝 2017-04-17 10:04:15
  1. 用vmd做膜可以之间用扩展进行,也可以用命令进行,比如我用命令
  2.  membrane -l POPE -x 46 -y 46 -o membrane -top c36
    这里用了POPE脂质,x和y的长度为46,输出膜的名字是membrane(默认也是这个),用的是c36这个top文件
  3. 大概一会就生成膜了。
  4. 这个是使用说明:
  5. Usage: membrane -l <lipid> -x <xsize> -y <ysize> {-o <prefix>} {-top <topology>}
      <lipid> is lipid name (POPC or POPE; others as added)
      <xsize> and <ysize> are membrane sizes in X and Y (Angstroms)
      <prefix> is optional output file prefix (default "membrane")
      <topology> is optional and specifies lipid CHARMM topology ("c27" or "c36", default c27)

  6. 建成后会自动载入到vmd中

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