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gmx mdrun 续跑

作者:小宝 2017-04-21 13:04:55

由于分子动力学模拟过程比较长,经常会因为计算机出现问题(断电、程序出错、人为错误等),这样我们在运算的就会终止。

尤其是等我们运行几个小时的运算,突然终止对我们来说是非常恶心的。你想想,又要重头是多么恼火的事情啊。

gromacs团队已经考虑到这个问题了,所以呀可以在计算机恢复正常后继续接着运行,这就方便多了。

在mdrun -deffnm xxx -v 后终止可以用-cpi继续运行备份的参数(.cpt)文件,这样就可以续跑了,多么振奋啊。

在运行mdrun步骤时加上-cpnum就可以生成cpt文件了,测试了好多次,可以的哦。

gmx mdrun -deffnm xxxxx -cpnum -v

续跑命令如下(我的自动备份文件是step7_production_prev.cpt):

(5.1.x版gromacs)gmx mdrun -deffnm step7_production -cpi step7_production_prev.cpt 

(5.0.x版gromacs)gmx mdrun -deffnm step6.2_equilibration -cpi step6.2_equilibration_prev.cpt -v 


这样真的很方便呢。

节省了我大量的时间!!太棒啦

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