博客文章已转移到新地址,本地址暂时保留,新文章仅在新地址更新。[置顶]

gmx protonate 质子化

作者:小宝 2017-04-24 19:04:49

在分子模拟结束后要某部分的动态过程或者质子化系统,可以用gmx gprotonate (不适合5.1.x版本)实现:
案例:
 gmx protonate -s step7_production.tpr -n index.ndx -f step7_production.xtc -o protein.gro

接下来我里面有protein、membrane、solvate,我选择protein进行单独查看,输出gro文件,也可以输出其他格式:

Command line:
  gmx protonate -s step7_production.tpr -n index.ndx -f step7_production.xtc -o protein.gro

Reading file step7_production.tpr, VERSION 5.0.7 (single precision)
Reading file step7_production.tpr, VERSION 5.0.7 (single precision)
Select group to process:
Group     0 (        PROTEIN) has   660 elements
Group     1 (       MEMBRANE) has  1464 elements
Group     2 (         SOLUTE) has  1768 elements
Select a group: 0
Selected 0: 'PROTEIN'
Reading frame       0 time    0.000   Opening force field file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/oplsaa.ff/aminoacids.hdb


 这是命令的选项

gmx protonate [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
             [-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nice] [-b] [-e]
             [-dt]

然后可以用vmd看看效果了



©BRISKLAN;备案信息:桂ICP备16004757号-1