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gromacs之pbc显示完整分子和使用VMD的pbc命令显示完整分子

作者:转载jerkwin 2017-05-03 20:05:27

用gromacs直接组合完整的分子的这样也很好用,只是有些出到周期边界了,需要VMD结合使用。

gmx trjconv -s npt.tpr -f prod.xtc -o prod_whole.xtc -pbc whole

使用VMD的pbc命令显示完整分子

VMD提供了一个pbc命令, 也可用于对体系的PBC进行处理. 如果只是用于论文作图, 使用这个命令可能比上面的方法更简单.

基本命令是

pbc wrap -compound res -all
pbc box

你也可以同时对盒子进行平移, 以将分子显示在盒子中央(注意, 平移是以盒子长度为单位的)

pbc wrap -compound res -all -shiftcenterrel {0.0 -0.5 0.0}
pbc box -shiftcenterrel {0.0 -0.5 0.0}

如果溶质分子的原子类型都是1, 你可以使用下面的命令使其在盒子中居中

pbc wrap -sel type=1 -all -centersel type=2 -center com

更复杂的一个命令

pbc wrap -center com -centersel protein -compound fragment -all

详细说明请参考其文档

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