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gmx trjcat 合并几个xtc文件-让轨迹连通在一起

作者:小宝 2017-04-26 15:04:21

因为要用分子动力学研究我们的分子如何运作的,那么我们就需要对过程进行分析。我们一般用最终的gro文件和xtc轨迹文件进行动态分析。而将一段一段的轨迹(各个阶段的平衡轨迹和产品轨迹)下载下来后慢慢载入这样比较慢,也很麻烦。gromacs的设计者们提供了一个很方便的命令,就是gmx grjcat(5.0x版本以上)命令,这个命令可以将各个阶段的xtc组合成一个,然后用合并的就可以全程分析 了,多么方便啊

概要

gmx trjcat [-f [<.xtc/.trr/...> [...]]] [-o [<.xtc/.trr/...> [...]]]
           [-n [<.ndx>]] [-demux [<.xvg>]] [-nice ] [-tu ]
           [-xvg ] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[no]vel]
           [-[no]settime] [-[no]sort] [-[no]keeplast] [-[no]overwrite]
           [-[no]cat]
描述
gmx trjcat按顺序连接几个输入轨迹文件。在双倍时间帧的情况下,使用稍后文件中的一个。通过指定-settime,您将被要求每个文件的开始时间。输入文件从命令行中取出,使得像gmx trjcat -f *这样的命令。trr -o固定。trr应该做的伎俩 使用-cat,您可以简单地将多个文件粘贴在一起,而不必删除具有相同时间戳的帧。
当输出文件在输入文件中时,推断出一个重要的选项。在这种情况下,附加的特定文件意味着您不需要存储双倍的数据量。显然,附加的文件必须是起始时间最短的文件,因为只能在文件末尾追加。

举个栗子:

我要将这6.2~7的xtc轨迹文件合并成一个,然后用下面的命令(会shell脚步的可以做出脚步自动弄,我就不弄了,直接抛出命令,虽然长点,还是很棒的):
  gmx trjcat -f step6.2_equilibration.xtc step6.3_equilibration.xtc step6.4_equilibration.xtc step6.5_equilibration.xtc step6.6_equilibration.xtc step7_production.xtc -o combine.xtc
下面是执行效果:
Reading frame       1 time   40.000   

Summary of files and start times used:

          File                Start time       Time step
---------------------------------------------------------
step6.2_equilibration.xtc        0.000 ps        2.000 ps
step6.3_equilibration.xtc        0.000 ps        5.000 ps WARNING: same Start time as previous
step6.4_equilibration.xtc        0.000 ps       10.000 ps WARNING: same Start time as previous
step6.5_equilibration.xtc        0.000 ps       15.000 ps WARNING: same Start time as previous
step6.6_equilibration.xtc        0.000 ps       20.000 ps WARNING: same Start time as previous
     step7_production.xtc        0.000 ps       40.000 ps WARNING: same Start time as previous

Reading frame       0 time    0.000   
Last frame        500 time 1000.000   
Reading frame       0 time    0.000   
Last frame        200 time 1000.000   
Reading frame       0 time    0.000   
Last frame        100 time 1000.000   
Reading frame       0 time    0.000   
Last frame         50 time  750.000   
Reading frame       0 time    0.000   
Last frame         50 time 1000.000   
Reading frame       0 time    0.000   

Continue writing frames from step7_production.xtc t=0 ps, frame=0      
Last frame       5000 time 200000.000    ->  frame   5000 time 200000.000 ps     

Last frame written was 5000, time 200000.000000 ps


好了,我200ns的xtc出来了,那么现在可以直接用我的combine.xtc进行对模拟过程的分析了。



如果-demux选项,则所读取的N个轨迹,使用的是其他顺序指定。xvg文件。的。xvg文件应包含以下内容:
0 0 1 2 3 4 5 
2 1 0 2 3 5 4
第一个数字是时间,随后的数字指向轨迹指标。对应于第一行存在的数字的帧被收集到输出轨迹中。如果轨迹中的帧数不匹配。xvg文件,然后程序试图聪明。谨防。

以下是选项:

Options to specify input and output files:
-f [<.xtc/.trr/...> [...]] (traj.xtc) (Input)
Trajectory: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng
-o [<.xtc/.trr/...> [...]] (trajout.xtc) (Output)
Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Input, Optional)
Index file
-demux [<.xvg>] (remd.xvg) (Input, Optional)
xvgr/xmgr file
Other options:
-nice <int> (19)
Set the nicelevel
-tu <enum> (ps)
Time unit: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg <enum> (xmgrace)
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, none
-b <time> (-1)
First time to use (ps)
-e <time> (-1)
Last time to use (ps)
-dt <time> (0)
Only write frame when t MOD dt = first time (ps)
-[no]vel (yes)
Read and write velocities if possible
-[no]settime (no)
Change starting time interactively
-[no]sort (yes)
Sort trajectory files (not frames)
-[no]keeplast (no)
Keep overlapping frames at end of trajectory
-[no]overwrite (no)
Overwrite overlapping frames during appending
-[no]cat (no)
Do not discard double time frames

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